Aunque ha habido un gran debate sobre que las similitudes eran mucho más abundantes que las diferencias cognitivas con respecto al género, podemos decir que si existen diferencias significativas entre ambos sexos.
La primera diferencia podemos encontrarla en cuanto a su identidad sexual. Normalmente ésta coincidirá con sexo fenotípico, pero hay algunos invididuos que no se ven identificados con su sexo genético, gonadal y fenotípico. Es entonces cuando experimentan una discondancia entre su percepción y la de su sexo biológico. Ejemplo de ello son los transexuales, personas que sufren esta discondancia y en la mayoría de las veces recurren a la cirugía o a tratamientos hormonales para saldar el problema. En cambio, no podemos confundir la transexualidad con la homosexualidad, ya que estos si se sienten identificados con su sexo biológico, lo que ocurre es que se sienten atraidos por personas de su mismo sexo.
Otra de las diferencias que podemos encontrar se centra en la cognición. Los niños suelen tener más «representación espacio-visual», mientras que las niñas tienen una mayor capacidad verbal. Por otro lado, los trastornos relacionados con el lenguaje (dislexia, autismo, tics y tartamudeo) se producen más en niños que en niñas. En cuanto a las capacidades matemáticas, los niños llevan ventaja con respecto a las niñas.
Norman Geschwind y Albert Galaburda, propusieron una hipótesis en 1980. Afirmaban que, como las áreas cerebrales del hemisferio izquierdo controlaban los procesos relacionados con el lenguaje y las áreas del hemisferio derecho controlaban las habilidades espacio-visuales y matemáticas, podría deberse a que la testosterona fuera la responsable de estas diferencias debido a una modulación en el periodo fetal.
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